Ειδικότερα, σύμφωνα με τον Κώδικα Φορολογίας Εισοδήματος, κατά την καταβολή των παραπάνω αμοιβών, οι ημεδαπές επιχειρήσεις υποχρεούνται, κατ’ αρχήν, σε παρακράτηση φόρου με συντελεστή 20%. Ωστόσο, υποχρέωση παρακράτησης δεν γεννάται κατά την καταβολή των παραπάνω αμοιβών σε νομικά πρόσωπα που είναι φορολογικοί κάτοικοι Ελλάδας καθώς και σε νομικά πρόσωπα που είναι φορολογικοί κάτοικοι χώρας μέλους της ΕΕ-ΕΟΧ, ανεξάρτητα από το εάν τα τελευταία έχουν μόνιμη εγκατάσταση στην Ελλάδα, για λόγους ίσης μεταχείρισης. Ως εκ τούτου, υποχρέωση παρακράτησης υφίσταται μόνο στις περιπτώσεις καταβολής των αμοιβών σε νομικά πρόσωπα που είναι φορολογικοί κάτοικοι τρίτης χώρας και διατηρούν μόνιμη εγκατάσταση στην Ελλάδα. Ωστόσο, ακόμη και σε αυτή την περίπτωση, ο φόρος δεν παρακρατείται εν τέλει εφόσον υφίσταται Σύμβαση Αποφυγής Διπλής Φορολογίας μεταξύ της τρίτης αυτής χώρας και της Ελλάδας, στην οποία να περιέχεται ρήτρα περί μη διακριτικής μεταχείρισης των υπηκόων ενός κράτους έναντι του άλλου. Παρακράτηση διενεργείται σε κάθε περίπτωση εάν ο δικαιούχος της αμοιβής είναι φυσικό πρόσωπο που ασκεί επιχειρηματική δραστηριότητα.
Ειδικότερα, οι ημεδαπές επιχειρήσεις που καταβάλλουν αμοιβές σχετικές με τεχνικά έργα, τόσο σε νομικά πρόσωπα τα οποία είναι φορολογικοί κάτοικοι Ελλάδας όσο και σε νομικά πρόσωπα τα οποία είναι φορολογικοί κάτοικοι αλλοδαπής αλλά έχουν μόνιμη εγκατάσταση στην Ελλάδα, οφείλουν να παρακρατούν φόρο με συντελεστή 3%. Στις αμοιβές για τεχνικά έργα περιλαμβάνονται οι αμοιβές που καταβάλλονται σε εργολήπτες κατασκευής κάθε είδους τεχνικών έργων καθώς και οι αμοιβές που καταβάλλονται για παρεχόμενες υπηρεσίες που σχετίζονται όμως με την εκτέλεση και ολοκλήρωση των έργων αυτών. Ως τεχνικό έργο θεωρείται η εκτέλεση εργασιών κατασκευής έργου συνδεόμενου με το έδαφος, όπως για παράδειγμα τα οικοδομικά, λιμενικά, υδραυλικά, οδοποιίας, γεφυροποιίας, σιδηροδρόμων και έργα υπαίθρου καθώς επίσης και η εργασία προσθήκης επί υφιστάμενου ήδη πράγματος νέου στοιχείου ή ιδιότητας, όπως για παράδειγμα εκτέλεση μηχανολογικών, ηλεκτρολογικών εγκαταστάσεων. Παρακράτηση διενεργείται για σχετικές αμοιβές που καταβάλλονται και σε φυσικά πρόσωπα που ασκούν επιχειρηματική δραστηριότητα. Υπενθυμίζεται ότι η παρακράτηση δεν εξαντλεί τη φορολογική υποχρέωση του δικαιούχου, νομικού ή φυσικού προσώπου.
Όταν μετά την έκπτωση του φόρου προστιθέμενης αξίας εισροών από το ΦΠΑ εκροών απομένει πιστωτικό υπόλοιπο, αυτό μεταφέρεται προς έκπτωση σε επόμενη περίοδο. Κατ’ εξαίρεση, το πιστωτικό υπόλοιπο δεν μεταφέρεται αλλά επιστρέφεται, εφόσον, μεταξύ άλλων ο καταβληθείς ΦΠΑ είναι αδύνατο να μεταφερθεί για έκπτωση σε επόμενη διαχειριστική περίοδο ή σε περίπτωση μεταφοράς του για έκπτωση, η έκπτωση αυτή δεν κατέστη δυνατή. Η περίπτωση αυτή δεν αφορά επιστροφή ΦΠΑ που καταβλήθηκε αχρεωστήτως, καθόσον επιβλήθηκε για πράξεις που υπόκεινται κατά το νόμο σε ΦΠΑ. Κατά συνέπεια, η αξίωση επιστροφής του πιστωτικού υπολοίπου ΦΠΑ που προέρχεται από τις πράξεις αυτές δεν υπόκειται στην τριετή παραγραφή, αλλά στην γενική πενταετή παραγραφή. Η πενταετής παραγραφή, με την οποία ρυθμίζεται γενικώς το θέμα της έναρξης του χρόνου παραγραφής οποιασδήποτε απαίτησης κατά του Δημοσίου, αρχίζει όχι από το τέλος του οικονομικού έτους, μέσα στο οποίο γεννήθηκε η σχετική απαίτηση, αλλά από το τέλος του οικονομικού έτους μέσα στο οποίο κατέστη δυνατή η δικαστική επιδίωξή της (ΣτΕ 1330/2023).
Πιο συγκεκριμένα, στην απαρίθμηση των περιπτώσεων, η οποία πλέον είναι ενδεικτική, προστίθενται η σημαντική αναντιστοιχία μεταξύ των δηλούμενων οικονομικών μεγεθών, ιδίως των αγορών, των πωλήσεων και των αποθεμάτων και η έλλειψη επαλήθευσης του συντελεστή μικτού κέρδους που προκύπτει από τα δηλούμενα αποτελέσματα με αυτόν που προκύπτει βάσει των παραστατικών αγορών και πωλήσεων ή η ύπαρξη αδικαιολόγητης μεταβολής αυτού μεταξύ διαδοχικών ετών και η δήλωση ζημίας. Παράλληλα, εντάσσεται και η περίπτωση της δήλωσης ζημίας σε τρία τουλάχιστον συνεχόμενα φορολογικά έτη δίχως να προκύπτει ο τρόπος χρηματοδότησης της επιχείρησης, με τον οποίο καλύπτονται οι υποχρεώσεις της. Με αυτόν τον τρόπο, επιδιώκεται να αντιμετωπιστεί η ανάγκη για την ευρύτερη χρήση από τον ελεγκτικό μηχανισμό των έμμεσων τεχνικών ελέγχου, μέσω της διεύρυνσης των προϋποθέσεων εφαρμογής τους, οι οποίες αποτελούν διεθνώς σημαντικά εργαλεία για τον εντοπισμό φορολογικής ύλης.
