Κύριο χαρακτηριστικό του νέου συστήματος είναι ότι οι δηλώσεις θα προσυμπληρώνονται με τη χρήση δεδομένων από την ψηφιακή πλατφόρμα myDATA που διαχειρίζεται η Ανεξάρτητη Αρχή Δημοσίων Εσόδων (ΑΑΔΕ) με έναρξη ισχύος από την 1η Ιανουαρίου 2024. Πιο συγκεκριμένα, οι δηλώσεις Φ.Π.Α. πρέπει να τηρούν την αρχή ότι τα έσοδα δεν μπορούν να υποεκτιμώνται, ήτοι να υπολείπονται των δεδομένων εσόδων που διαβιβάζονται ηλεκτρονικά στην ΑΑΔΕ και τα έξοδα δεν μπορούν να υπερτιμώνται, δηλαδή να υπερβαίνουν τα δεδομένα έξοδα που διαβιβάζονται ηλεκτρονικά στην ΑΑΔΕ. Ωστόσο, υπάρχει πρόβλεψη για απόκλιση από τον κανόνα αυτό μέχρι ποσοστό απόκλισης 30%, το οποίο θα επανεξετάζεται περιοδικά, ώστε σταδιακά να εκμηδενισθεί. Ως προς την αντιμετώπιση αντικειμενικών δυσχερειών συσχέτισης δεδομένων που μειώνουν τα έσοδα ή αυξάνουν τα έξοδα αντίστοιχα, προβλέπεται εναλλακτικός τρόπος διαβίβασης των δεδομένων, για τα οποία υπάρχει η αδυναμία αυτή, ώστε οι δηλώσεις Φ.Π.Α. να συμφωνούν με τα δεδομένα που έχουν διαβιβαστεί στην πλατφόρμα myDATA. Τέλος, επιτρέπεται η ετεροχρονισμένη δήλωση εξόδων, σε επόμενη φορολογική περίοδο Φ.Π.Α. από αυτή που αντιστοιχεί στην ημερομηνία έκδοσης των αντίστοιχων, οπωσδήποτε όμως εντός της χρήσης που αφορούν. Με τον τρόπο αυτό επιδιώκεται οι δηλώσεις Φ.Π.Α. να αντικατοπτρίζουν με ακρίβεια τις πληροφορίες που διαβιβάζονται στην πλατφόρμα myDATA (Α.1020/2024).
Σε περίπτωση που το πιστωτικό υπόλοιπο Φ.Π.Α. που προκύπτει καθίσταται αδύνατο να μεταφερθεί στην επόμενη διαχειριστική περίοδο, γεννάται αξίωση του υπόχρεου στο φόρο κατά του Δημοσίου για επιστροφή του εν λόγω ποσού. Επί του ζητήματος αυτού, το Διοικητικό Εφετείο έκρινε ότι η αξίωση αυτή, εφόσον δεν αφορά φόρο που καταβλήθηκε αχρεωστήτως, δεν υπόκειται στην ειδική τριετή παραγραφή αλλά στη γενική πενταετή παραγραφή. Κατά της απόφασης αυτής, το Δημόσιο άσκησε αίτηση αναιρέσεως με τον ισχυρισμό ότι η ανωτέρω κρίση είναι εσφαλμένη αφού η αξίωση της επιχείρησης για επιστροφή πιστωτικού υπολοίπου Φ.Π.Α. συνιστά φόρο αχρεωστήτως καταβληθέντα εκ των υστέρων (και συγκεκριμένα τη στιγμή που γεννήθηκε η υποχρέωση του Δημοσίου για επιστροφή του) και άρα παραγράφεται σε τρία και όχι σε πέντε χρόνια. Το ΣτΕ απέρριψε τον ανωτέρω ισχυρισμό ως αβάσιμο και την αίτηση αναιρέσεως στο σύνολό της, δεχόμενο ότι η εν λόγω αξίωση επιστροφής αφορά πράξεις που υπάγονται κανονικά σε Φ.Π.Α. με αποτέλεσμα να μην μπορεί αυτή να υπαχθεί στην έννοια του νόμου περί αχρεωστήτως καταβληθέντος φόρου, υποκείμενη έτσι, στη γενική πενταετή και όχι στην ειδική τριετή παραγραφή (ΣτΕ 2517/2021).
Μετά τη θέση σε ισχύ του νέου ΚΦΕ αποθεματικά που υπό τον προισχύσαντα ΚΦΕ χαρακτηρίζονταν ως αφορολόγητα πλέον υπάγονται κανονικά σε αυτοτελή φορολόγηση. Εταιρία που διέθετε αποθεματικά αυτής της κατηγορίας προέβη στη σχετική φορολογική δήλωση με επιφύλαξη ότι οι διατάξεις που προέβλεπαν το καθεστώς φορολόγησης των αποθεματικών αυτών είναι αντισυνταγματικές, αφού συνιστούν ανεπίτρεπτη αναδρομική επιβολή φόρου. Η φορολογική αρχή απέρριψε την επιφύλαξη και στη συνέχεια η ΑΕ άσκησε προσφυγή ενώπιον του Διοικητικού Εφετείου, το οποίο την έκανε δεκτή διατυπώνοντας ότι οι ρυθμίσεις του νέου ΚΦΕ για τη φορολόγηση των ένδικων αποθεματικών συνιστούν αναδρομική επαχθή μεταβολή του φορολογικού καθεστώτος, αφού επιβάλλουν αμέσως και υποχρεωτικώς φόρο σε ύλη η οποία κατά το σχηματισμό της ήταν αφορολόγητη. Η υπόθεση έφτασε μέχρι την Ολομέλεια του ΣτΕ, η οποία επίσης έκρινε τις ανωτέρω αναφερόμενες διατάξεις αντισυνταγματικές με την αιτιολογία ότι ο προβλεπόμενος περιορισμός υφιστάμενης φορολογικής απαλλαγής νοείται ως επιβολή φόρου και μάλιστα η φορολόγηση αυτή καθίσταται υποχρεωτική αφού δεν παρέχεται στα εν λόγω νομικά πρόσωπα η δυνατότητα να διατηρήσουν τη φορολογική απαλλαγή των ως άνω αποθεματικών μέχρι τη διανομή ή κεφαλαιοποίησή τους ή τη λύση της εταιρίας, δεδομένου ότι για ισολογισμούς που κλείνουν από 31.12.2014 και μετά δεν επιτρέπεται πλέον η τήρηση λογαριασμών αφορολόγητων αποθεματικών πλην ελαχίστων εξαιρέσεων. Συνεπώς, οι διατάξεις του νέου Κώδικα Φορολογίας Εισοδήματος, καθ’ ο μέρος η θεσπιζόμενη με αυτές φορολογική υποχρέωση εκτείνεται πέραν του προηγουμένου της επιβολής έτους, αντίκεινται προς τις διατάξεις του Συντάγματος και, κατά συνέπεια, είναι μη εφαρμοστέες (ΣτΕ 2562/2022).
